Lubaczowskie muzeum zrodziło się z pasji kolekcjonerskiej Włodzimierza Czerneckiego, zasłużonego społecznika i pedagoga lubaczowskiego. Działalność zbieracką zapoczątkował już w latach 30. XX w. Niestety zaczątki kolekcji utracił w czasie wojny, stąd też w latach 50. i 60. XX wieku rozpoczął na nowo gromadzenie zabytków związanych z szeroko pojętą historią i kulturą materialną regionu. Na bazie tych zbiorów, Czernecki i skupiona wokół niego grupa działaczy społeczno-kulturalnych, rozpoczęła starania o utworzenie muzeum. Powstało ono w 1958 roku i początkowo funkcjonowało pod nazwą Społeczne Muzeum Regionalne w Lubaczowie.
Celem Muzeum Kresów w Lubaczowie jest sprawowanie opieki nad zabytkami, informowanie o wartościach i treściach gromadzonych zbiorów, umożliwianie kontaktu ze zbiorami. Zadania te wypełniają Dział Archeologiczny, Artystyczny, Etnograficzny i Budownictwa Drewnianego, Historyczny, a także Dział Oświatowy oraz Biblioteka.
W ramach pracy poszczególnych działów organizowane są wystawy, prowadzone są zajęcia edukacyjne, wydawane publikacje z zakresu historii i kultury regionu, prowadzone są również badania terenowe. Muzeum prowadzi także szeroką współpracę z instytucjami kultury w kraju u za granicą.